宏意 , 卢昌华 , 何梦玲 , 严寒静

广东药科大学中药学院, 广州, 510006
作者    通讯作者
《分子植物育种》印刷版, 2020 年, 第 18 卷, 第 11 篇   
收稿日期: 2019年04月12日    接受日期: 2019年05月20日    发表日期: 2020年07月15日

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长链非编码 RNA (lncRNA)是一类长度大于 200 个核苷酸的非编码 RNA，能够在表观遗传水平、转录水平和转录后水平调控基因表达，广泛参与植物的生长发育、抗逆、生理和病理过程。广藿香为广东道地药材之一，也是医药领域和化工领域的重要天然原料。为了更好地开发和利用这一重要资源，本研究以广藿香为实验材料，在全长转录组测序的基础上，利用四个软件对 134 647 个转录本全长序列进行了蛋白编码潜能预测，最终获得 4 106 个 lncRNAs。对这些 lncRNAs 的长度和数量作统计分析。结果显示，最短为 280 nt，最长为 8 941 nt，平均长度为 1 084 nt；大部分 lncRNAs 的长度介于 280~1 000 nt (61.447%)，在 1 001~2 000 nt和 2 001~4 000 nt 的长度范围内也发现有较多的 lncRNAs，分别为 23.015%和 15.270%；但在 4 001~8 941 nt的长度范围内，总共只有 11 个 lncRNAs (占总量的 0.268%)。本研究为广藿香 lncRNAs 鉴定和后续的功能分析提供了重要的基础。

广藿香(Pogostemon cablin)；长链非编码 RNA；序列分析；转录组